Notre microbiome nous force à repenser qui nous sommes

Quand vous étiez enfant, vos parents, votre maîtresse et votre mamie vous sans doute dit et répété que vous étiez un individu unique – faisant de vous un être narcissique et infect.

Le concept d'individu est vieux de plusieurs siècles déjà. Pourtant, il nous parait de plus en plus flou et ambigu à mesure que notre connaissance du corps humain devient plus subtile. Ainsi, certains biologistes ont suggéré que les micro-organismes qui vivent dans nos entrailles et sur notre peau justifient de revoir entièrement le concept d'individu : selon eux, nous ressemblons davantage à un agrégat de milliards d'organismes distincts qu'à un individu unique et indépendant.

Ainsi, un article de philosophie de la biologie publié en février dans la revue en ligne PLOS ONE fait l'hypothèse que les micro-organismes avec qui nous visons en symbiose suffisent à "remettre en question le concept du soi."

C'est en 1695, tandis qu'il se promenait en compagnie d'une princesse allemande dans les jardins d'Herrenhausen, que le philosophe Gottfried Wilhelm Leibniz a commencé à formuler son concept de l'individualité – si l'on en croit une célèbre anecdote historique. La princesse Sophie lui aurait dit qu'elle se trouvait incapable de trouver deux feuilles parfaitement identiques. "À ce moment-là, ils auraient commencé à ramasser des feuilles, et elles étaient toutes un peu différentes les unes des autres, bien évidemment", me raconte Tobias Rees, directeur du Berggruen Institute de Los Angeles et co-auteur de l'article paru dans PLOS. "Avant cela, on concevait les humains comme intégrés au cosmos issu de la création divine ; ils n'étaient pas distincts du reste de la nature," ajoute-t-il. "Les entités artificielles et techniques, quant à elles, se contentaient de compléter ce que la nature avait laissé incomplet."

Avec le développement des sciences naturelles, et en particulier l'étude du cerveau, du système immunitaire et du génome humain, cette vision de l'individu héritée de Leibniz n'a fait que se renforcer : ce qui fonde notre individualité, c'est la somme des traits uniques qui caractérisent notre organisme.

Le médecin allemand Franz Gall disait à Emmanuel Kant que la forme de son cerveau et de son crâne avaient déterminé sa condition de philosophe, raconte Rees. Selon le chercheur, c'est à ce moment là que les savants ont commencé à considérer le cerveau comme le siège ultime du soi. Aujourd'hui encore, tandis que l'étude du cerveau s'est enrichie de milliers d'articles publiés, il est difficile de considérer un être vivant sans système nerveux comme un individu à part entière.

En 1960, l'immunologiste américain Sir Frank MacFarlan Burnet a remporté le prix Nobel de médecine pour ses recherches sur le système immunitaire, et en particulier pour ses travaux théoriques sur la distinction du soi et du non-soi. Selon lui, le système immunitaire est ce qui nous distingue de ce qui n'est pas nous, à savoir les virus, les bactéries et les pathogènes divers.

Aujourd'hui, plus nos connaissances sur le microbiome humain s'affinent, plus l'idée selon laquelle chaque humain est un organisme singulier, unique, autonome et bien délimité est remise en question : "Désormais, il existe des preuves empiriques montrant que le développement et le bon fonctionnement de l'organisme dépendent étroitement de la présence des micro-organismes qu'il abrite", expliquent les auteurs du papier, qui proviennent d'horizons disciplinaires variés.

Les microbes, qui constituent la moitié des cellules de notre corps, exercent une influence majeure sur le cerveau, le système immunitaire, l'expression génétique, et interviennent dans de nombreuses fonctions biologiques.

Les microbes peuvent produire des neurotransmetteurs tels que la dopamine, qui intervient dans le sentiment d'euphorie, ou encore l'agressivité, m'explique Thomas Bosch, professeur de zoologie à l'Université de Kiel en Allemagne et co-auteur de l'article. Un déséquilibre de la flore intestinale a été associé à certains comportements et maladies, dont l'autisme, la dépression, la maladie de Parkinson, la maladie d'Alzheimer, les réactions allergiques et certaines maladies auto-immunes – bien qu'une grande partie de ces recherches en soient encore à leurs balbutiements et que leurs résultats demeurent très controversés.

Les auteurs de l'étude n'affirment pas pour autant que les humains ne sont pas des individus à part entière – mais plutôt que nos caractéristiques génétiques ou nos cerveaux ne constituent pas le support exclusif du soi. Pour décrire un individu, il faudrait prendre en compte tous les organismes qui vivent en symbiose avec lui, selon eux.

"Ce qui est traditionnellement considéré comme une partie de l'identité humaine est, en réalité, d'origine bactérienne ; en bref, le non-soi constitue aussi le soi", explique Bosch.

Les nouvelles découvertes en bactériologie sont "une invitation philosophique et artistique à repenser qui nous sommes", ajoute Rees. De même, les auteurs de l'article estiment que les gènes microbiens contribuent suffisamment aux traits humains pour qu'un outil d'ingénierie génomique tel que CRISPR-Cas9 doive être repensé en prenant en compte les micro-organismes que nous abritons.

"Les génomes humains sont en réalité des génomes entrelacés", ajoute Bosch.

Quand on considère le fait que les microbes ont une influence considérable sur le cerveau, le système immunitaire et le génome, il devient très difficile de circonscrire le concept "d'individu". "Nous avons pris l'habitude de nous concevoir comme des individus dont l'organisation est discrète et bien délimitée. Il est difficile de remettre en question tout cela", ajoute Rees.

Rees et ses collègues estiment que la définition d'un individu devrait être beaucoup plus fluide qu'elle ne l'est actuellement. Selon eux, nous serions avant tout une communauté d'organismes avant d'être un organisme individuel ; plus précisément, nous serions "un méga-organisme".

Tous les microbiologistes et les philosophes de la biologie ne sont pas convaincus par cette idée, cependant. Ellen Clarke, chercheuse en philosophie à l'université de Leeds, explique que la contribution microbienne à l'organisme humain ne change pas fondamentalement qui nous sommes.

"Nous possédons des tas de traits dépendant de gènes qui ne nous appartiennent pas au sens propre. Je ne peux pas me reproduire sans les gènes d'un partenaire sexuel, par exemple", m'explique-t-elle par email. Dans ces conditions, pourquoi devrait-on donner une importance particulière à l'influence des microbes ? Elle estime tout de même que réfléchir à l'étendue du microbiome humain constitue "un bon antidote à l'individualisme".

De même, Jonathan Eisen, microbiologiste et professeur à l'Université de Californie, pense que les auteurs surestiment énormément l'influence des microbes sur notre comportement.

"Le microbiome influence de nombreux aspects du comportement chez les mammifères, dont les humains. Mais on pourrait dire la même chose des drogues, de la télévision ou de l'éducation. Cela signifie-t-il pour autant que notre concept de soi devrait inclure le tabac ou la weed ?"

Eisen souligne également que ces idées ne sont pas entièrement nouvelles. Des recherches antérieures ont déjà envisagé de revoir le concept d'individu, à travers le concept d'hologénome notamment. Développé dans les années 1990, ce terme définit le génome comme la somme de tous les gènes de toutes les cellules (humaines ou non) présentes dans le corps humain. Or, ce concept d'exige pas d'actualiser la définition de soi.

Le chercheur ajoute que le microbiome offre une bonne occasion pour les scientifiques, les philosophes et les artistes de discuter des liens possibles entre des travaux issus de différentes disciplines. Clarke, elle, est plus sceptique quant aux fruits d'une collaboration interdisciplinaire sur ce sujet. Ce qui est certain, c'est que comme l'écrivent les auteurs du papier, "l'humain est plus que l'humain."